To sezon w którym drużyna seniorów występująca po raz pierwszy pod nazwą „Podhale Nowy Targ”, posiadająca w swych szeregach liczną grupę młodzieżowców wygrała podhalańską B klasę, zajmując 1. miejsce w tabeli  (z dorobkiem 58 punktów i bilansem bramek 108-23). Na ten dorobek złożyło się 19 zwycięstw, 1 remisu oraz tylko 2 porażek. Doszła również 3 drużyna młodzieżowa – junior młodsza, która okazała się rewelacją rozgrywek w swojej grupie. Zdominowała rywali uzyskując aż 104 bramki i jednocześnie tracąc tylko 13. W dwumeczu barażowym nieznacznie uległ drużynie Limanovii i w konsekwencji nie wywalczył prawa gry w Małopolskiej Lidze Juniorów Młodszych. Pozostałe sekcje nie uzyskały awansu do baraży o ligę wojewódzką.

Pierwszy zespół wzmacniał się kolejnymi zawodnikami z okolicznych wiosek oraz nowotarżanami. Drużynę prowadził Krzysztof Leśniakiewicz. Zespół seniorski wywalczył w w/w sezonie awans do nowosądeckiej ligi okręgowej (V liga), a w decydującym o awansie spotkaniu przeciwko Lubaniowi Tylmanowa pobito rekord frekwencji na trybunach podhalańskiej A klasy – łączna ilość widzów wynosiła około 1000, którzy zgromadzili się na Stadionie Piłkarskim „Koło” w Nowym Targu. Spotkanie to zakończyło się wygraną 4:1 po bramkach Ślusarka (2) i Wronki (2). W grupach młodzieżowych zgłoszono do rozgrywek 5 drużyn, dodano sekcję młodzików. Był to okres współpracy z krakowską Akademią Piłkarską 21 oraz zorganizowana letnią akcję „Wakacje z piłką.”

Powołano drużynę rezerw, która w pierwszym sezonie wywalczyła awans do B klasy. Pierwszy zespół utrzymał się zaś w V lidze, opierając swą grę na wychowankach. Na koniec sezonu zajął 8. miejsce, z dorobkiem 40 punktów. W rundzie wiosennej zespół przejął były szkoleniowiec Lubania Tylmanowa – Marek Żołądź. W lipcu 2013 sponsorem strategicznym klubu został Wiesław Wojas – właściciel renomowanej firmy obuwniczej „Wojas”, były sponsor generalny ekstraligowego klubu hokejowego „Wojas Podhale Nowy Targ” (kontynuator tradycji „KS Podhale” – 19-krotnego Mistrza Polski). W tym też roku rozpoczęły się poważne ruchy transferowe. Celem budującej się drużyny był awans do IV ligi, a następnie – do III. W grupach młodzieżowych powołano sekcję orlików i żaków.

pierwsza drużyna – zgodnie z założeniami – uzyskała awans do IV ligi, deklasując przeciwników. Zespół rezerw także zaliczył awans – z klasy „B” do „A”. Klub prężnie się rozwijał, czego potwierdzeniem było podpisanie 3-letniej umowy o współpracy ze sponsorem strategicznym „Wojas” oraz Miastem Nowy Targ, który udostępnił dla klubu zmodernizowany Stadion Miejski im. Józefa Piłsudskiego (lipiec 2014). Jak mogliśmy przeczytać w prasie: „Firma Wojas SA przez trzy lata zapewni Nowotarskiemu Klubowi Piłkarskiemu „Podhale” stabilizację finansową, a miasto Nowy Targ udostępni na preferencyjnych zasadach stadion im. Piłsudskiego. Natomiast w ciągu tych trzech lat klub zobowiązuje się szkolić nowotarski narybek piłkarski i pierwszą reprezentacją wejść do III ligi.” Klub wystawił drużyny we wszystkich możliwych kategoriach wiekowych w rozgrywkach podhalańskiego podokręgu.

Jeden z celów umowy partnerskiej z lipca 2014 roku został zrealizowany już w pierwszym sezonie, podczas którego NKP Podhale Nowy Targ zwyciężył w rozgrywkach IV ligi grupy małopolska-wschód i uzyskał awans do III ligi (na koniec sezonu 61 punktów, 19 zwycięstw, 4 remisy i 7 porażek, bilans bramek 63-33). Drużyna rezerw zakończyła sezon na 4. miejscu w tabeli A klasy. Do rozgrywek PPPN Nowy Targ zgłoszono 7 zespołów w 5 kategoriach wiekowych (żak, orlik, młodzik, trampkarz starszy, junior starszy). W klubie pracuje 7 trenerów, odpowiedzialnych za szkolenie dzieci i młodzieży w poszczególnych kategoriach i zespołach. Poziom wyszkolenia technicznego młodych adeptów futbolu rośnie, do klubu dołącza coraz więcej dzieci i młodzieży.

Pierwszy zespół, wciąż pod wodzą trenera Marka Żołędzia, notuje spory sukces, zajmując wysokie, 4. miejsce w III lidze (grupa małopolsko-świętokrzyska) i utrzymuje się na tym poziomie rozgrywkowym jako jeden z 7 zespołów swojej grupy (reorganizacja rozgrywek: redukcja z ośmiu do czterech lig na poziomie III ligi). Drużyna rezerw zajmuje 7. miejsce na koniec sezonu w podhalańskiej A klasie. Na jesień drużynę prowadzi Krzysztof Leśniakiewicz oraz Robert Siemek, w rundzie wiosennej przejmuje ją trener Marcin Faron. W zespole tym występują głównie juniorzy starsi i młodzieżowcy.Do rozgrywek PPPN Nowy Targ zgłoszono 7 zespołów w 6 kategoriach wiekowych (żak, orlik, młodzik, trampkarz starszy, junior młodszy, junior starszy). Na wiosnę 2016 – na wzór najmocniejszych ośrodków piłkarskich w naszym kraju – powstaje w pełni profesjonalna Akademia Piłkarska Podhale. Pieczę nad projektem Akademii sprawuje Nowotarski Klub Piłkarski Podhale, a bezpośrednim partnerem jest Miasto Nowy Targ. Dyrektorem i koordynatorem zostaje Tomasz Gorczyk – były szkoleniowiec Górnika Zabrze, który brał czynny udział w tworzeniu struktur szkoleniowych i otwarciu Akademii Górnika. Był też członkiem sztabu szkoleniowego pierwszej drużyny Górnika za czasów Adama Nawałki.

We wrześniu 2016 z funkcji trenera pierwszej drużyny rezygnuje Marek Żołądź. Jego następcą zostaje Dariusz Siekliński, który drużynę prowadzi do maja 2017. W końcówce sezonu stery pierwszego szkoleniowca obejmuje dotychczasowy drugi trener – Grzegorz Hajnos, który wygrywa finały Pucharu Polski na szczeblu OZPN oraz MZPN. Wygranie rywalizacji na szczeblu Małopolski to największy sukces podhalańskiego futbolu, historyczny dla nowotarskiej piłki, która po raz pierwszy zagości na salonach ogólnopolskich. W III lidze zespół zajmuje na koniec sezonu 8. miejsce. Drużyna rezerw podhalańską A klasę kończy na 5. miejscu. Nowo-powstała Akademia Piłkarska Podhale zgłasza do rozgrywek PPPN jako „NKP Podhale” aż 8 zespołów w 4 kategoriach wiekowych (żaki, orliki, młodzicy, juniorzy młodsi). Powstaje też Akademia Przedszkolaka. Młodzicy wygrywają swoją ligę i awansują do baraży o ligę małopolską. W nich, po ambitnej i wyrównanej walce, niestety odpadają. Struktura Akademii krystalizuje się, do klubu dołącza coraz więcej dzieci i młodzieży. Zespoły młodzieżowe jeżdżą do międzynarodowe turnieje, zarówno w kraju, jak i za granicę, Akademia mierzy się z takimi zespołami jak Górnik Zabrze, czy Wisła Kraków.

W czerwcu 2017 pierwszym szkoleniowcem III-ligowej drużyny zostaje Tomasz Kulawik – legenda piłkarskiej Wisły Kraków. Prowadzi drużynę tylko do września 2017, kiedy to na tej funkcji zastępuje go Janusz Niedźwiedź, mający wyprowadzić zespół z kryzysu. Przed zakończeniem rundy jesiennej, udaje mu się awansować z drużyną z 14. na 10. miejsce, wygrywając 4 spotkania oraz notując 2 porażki i 2 remisy. Drużyna rezerw, prowadzona przez drugiego trenera – Grzegorza Hajnosa, a później trenera koordynatora Akademii Piłkarskiej Podhala – Tomasza Ligudzińskiego zajmuje 4. miejsce na koniec rundy jesiennej. Skład drugiego zespołu oparty jest o juniorów, młodzieżowców i graczy z szerokiego składu pierwszej drużyny, którzy nie grają w III lidze lub wracają do gry po kontuzji. Struktury Akademii Piłkarskiej Podhala i Akademii Przedszkolaka współgrają ze sobą i liczą już ponad 300 dzieci i młodzieży. Grupy juniorskie dostarczają utalentowanych młodzieżowców do pierwszego zespołu, a pozostali juniorzy z powodzeniem ogrywają się w drużynie rezerw w A klasie. Do rozgrywek młodzieżowych 2017/2018 zostaje zgłoszonych aż 12 drużyn we wszystkich możliwych kategoriach wiekowych. Drużyna Trampkarzy występuje w Małopolskiej Lidze Trampkarzy dla rocznika 2004 i jest rewelacją rozgrywek. Juniorzy starsi wygrywają jesień w lidze podokręgowej, zajmując 1. miejsce w tabeli.